Маинтейнеры в Debian как обычно жгут.

Ставим apt-get install ffmpeg и по ffmpeg -formats видим, что поддержки кодеков *amr** нет (а они очень нужны, чтобы кодировать видео в формат .3gp). Собираем из исходников (полученных по apt-get source ffmpeg) дебиановский пакет и опа – по умолчанию кодеки есть.